FlowJo 10是一款非常不錯(cuò)的流式細(xì)胞數(shù)據(jù)分析軟件,擁有非常強(qiáng)大的數(shù)據(jù)處理和分析功能,通過(guò)圖像分析細(xì)胞的各種變化,結(jié)合細(xì)胞模型創(chuàng)建合理的數(shù)據(jù)分析平臺(tái),支持參數(shù)導(dǎo)出功能,可以兼容幾乎所有流式儀器采集的數(shù)據(jù),幫助用戶輕松了解了解細(xì)胞的狀態(tài)變化!
軟件特色
1、階梯式設(shè)門
FlowJo獨(dú)特的階梯式設(shè)門試一次革命性的創(chuàng)新。他一改傳統(tǒng)復(fù)雜的邏輯門設(shè)置,將細(xì)胞群之間的邏輯關(guān)系用簡(jiǎn)單的遞進(jìn)階梯式去呈現(xiàn),并可以自定義細(xì)胞群名稱、進(jìn)而直觀的現(xiàn)實(shí)細(xì)胞群統(tǒng)計(jì)值,讓分析結(jié)果一目了然,簡(jiǎn)單清晰。
2、圖像呈現(xiàn)法
①多維參數(shù)顯示
FlowJo提供了靈活的數(shù)據(jù)呈現(xiàn)方式,全方位滿足用戶的數(shù)據(jù)分析需要。它可以呈現(xiàn)一維的直方圖,傳統(tǒng)的二維圖形,及動(dòng)態(tài)立體的三維圖形,從多個(gè)角度和空間對(duì)數(shù)據(jù)進(jìn)行360°的靜態(tài)以及動(dòng)態(tài)解析。
②多種圖形類型
FlowJo除了提供傳統(tǒng)的散點(diǎn)圖,還提供多種圖形類型(如密度圖,等高圖,偽色圖,斑馬圖等),在滿足不同分析需求的同時(shí)還保證了圖像的美觀和科學(xué)嚴(yán)謹(jǐn)需求。
3、多種設(shè)門工具
設(shè)門是流失數(shù)據(jù)分析中界定細(xì)胞目標(biāo)群的必要手段,不管要檢測(cè)的目標(biāo)細(xì)胞群是規(guī)則分布還是不規(guī)則分布,小概率事件還是大概率事件,F(xiàn)lowJo提供了多種設(shè)門工具,從而讓用戶方便的界定各種細(xì)胞群。
4、強(qiáng)大的批量處理功能
用戶可以做一個(gè)樣品的門分析,然后將這個(gè)分析批處理應(yīng)用到其他樣品上;也可以做一個(gè)樣品的圖形分析,然后將這個(gè)分析批處理用到其他樣品上。這樣避免了對(duì)每一個(gè)樣品進(jìn)行重復(fù)性試驗(yàn)的分析,即保證了數(shù)據(jù)分析的一致性及靈活性,同時(shí)也極大地提高了分析的效率并且得到完美的分析結(jié)果。
①門的批處理
你可以將一個(gè)樣品的門分析,批量應(yīng)用到其他的樣品上。整個(gè)過(guò)程只需要輕輕拖動(dòng)鼠標(biāo)就可完成,非常簡(jiǎn)單。
②圖形分析的批處理
圖像處理也可以用批量分析的方法,將一個(gè)樣品的分析應(yīng)用到其他樣品上。
5、多種分析平臺(tái)及工具
FlowJo自身包含了多個(gè)特殊的分析平臺(tái)來(lái)滿足細(xì)胞周期,細(xì)胞增殖,動(dòng)力學(xué)(鈣離子流量)等的分析。這些平臺(tái)采用權(quán)威的已發(fā)表的模型算法原理設(shè)計(jì),來(lái)精確模擬數(shù)據(jù)分布。FlowJo還包含了多種獨(dú)特的分析工具,如數(shù)據(jù)聯(lián)結(jié)、衍生參數(shù)軸、校準(zhǔn)、Backgating、Show Ancestry、Sample Comparision等,讓你對(duì)數(shù)據(jù)作進(jìn)一步的深層分析及處理。
6、熒光補(bǔ)償
熒光補(bǔ)償是六十分析里面一個(gè)重要的概念也是一個(gè)復(fù)雜的過(guò)程,卻是流式分析必不可缺的部分。軟件補(bǔ)償一改過(guò)去在機(jī)器上手動(dòng)調(diào)節(jié)補(bǔ)償?shù)娜唛L(zhǎng)復(fù)雜過(guò)程,大大簡(jiǎn)化了熒光補(bǔ)償過(guò)程,將補(bǔ)償數(shù)據(jù)的過(guò)程變成一個(gè)可理解,可見(jiàn)的簡(jiǎn)單過(guò)程,同時(shí)提供了在機(jī)器上手動(dòng)補(bǔ)償所沒(méi)有的精確度和靈活性。
7、靈活方便的數(shù)據(jù)導(dǎo)出
數(shù)據(jù)的導(dǎo)出在FlowJo里面非常的輕松方便。不管是圖形數(shù)據(jù)還是數(shù)據(jù)表格,都可以方便的導(dǎo)出成各種格式用來(lái)做數(shù)據(jù)的分享和發(fā)表。
軟件功能
1、反向控制分析
一旦你的分析包含了門內(nèi)門控產(chǎn)生的亞群,就可以看到一個(gè)給定亞群的源圖形。反向控制分析顯示在每個(gè)階段的圖突出最后亞群的每個(gè)門控操作圖。
2、抗體面板向?qū)?/p>
這個(gè)逐步的工具包含了許多供應(yīng)商的抗體目錄和你的流式細(xì)胞儀的配置,使抗體面板設(shè)計(jì)更精簡(jiǎn)的過(guò)程。它有一個(gè)在線網(wǎng)站,fluorish.com,在那里你可以與你的核心或?qū)嶒?yàn)室經(jīng)理或同事聯(lián)系,得到儀器的配置,搜索組抗體,抗體和購(gòu)買。
3、細(xì)胞周期分析
軟件有一個(gè)細(xì)胞周期的平臺(tái),采用多種模型對(duì)數(shù)據(jù)進(jìn)行擬合,擬合參數(shù)的約束,并自動(dòng)計(jì)算在G1期,細(xì)胞的百分比,或G2期。所有的模型都可以復(fù)制到其他的人群或樣本中,使用相同的簡(jiǎn)單的拖放界面來(lái)傳播其他的門或分析。
4、補(bǔ)償
污漬的光譜重疊處理補(bǔ)償工具在軟件。計(jì)算補(bǔ)償矩陣的接口是基于單染色控制樣本的集合。然后您可以將這個(gè)補(bǔ)償矩陣應(yīng)用到多染色的樣本中。軟件增加了補(bǔ)償參數(shù)多染色樣品,這樣你就可以查看和分析補(bǔ)償數(shù)據(jù)。
5、導(dǎo)出參數(shù)
軟件讓你定義為樣本的新參數(shù)。這些可能包括縮放參數(shù)(擴(kuò)展感興趣區(qū)域),時(shí)間參數(shù)(用于執(zhí)行動(dòng)力學(xué)分析),比率參數(shù),或在log和線性縮放之間轉(zhuǎn)換的參數(shù)。派生參數(shù)定義可以復(fù)制到整個(gè)組的樣本中。
6、FCS掃描
FCS掃描工具將掃描本地或遠(yuǎn)程文件系統(tǒng)的FCS文件。當(dāng)你想找到符合特定條件的FCS文件(污點(diǎn)協(xié)議、操作員ID、運(yùn)行日期、機(jī)器等),或者當(dāng)FCS文件被移動(dòng)并需要重新定位時(shí),這個(gè)實(shí)用工具就很方便了。
7、影視
分析平臺(tái)獨(dú)特的軟件:查看你的數(shù)據(jù)動(dòng)態(tài)。使用圖形窗口或布局編輯器電影來(lái)生成圖形作為時(shí)間的函數(shù)(動(dòng)能分析),或者生成一個(gè)或兩個(gè)參數(shù)作為第三的函數(shù)的圖。這種獨(dú)特的可視化可以讓您發(fā)現(xiàn)數(shù)據(jù)中的微妙關(guān)系,否則將不可能看到其他的關(guān)系。
8、板編輯
一個(gè)全新的平臺(tái)進(jìn)行注釋,分組和組織板基于流式細(xì)胞儀檢測(cè)數(shù)據(jù)的元數(shù)據(jù)注釋工具板,進(jìn)口板材快速標(biāo)注一個(gè)CSV文件,并能夠設(shè)置標(biāo)注滴定。
使用教程
如果你對(duì)不同的病人做相似的實(shí)驗(yàn),你可以保存一個(gè)工作區(qū)作為一個(gè)模板,包含所有的門、統(tǒng)計(jì)數(shù)據(jù)、表格和布局。下周,當(dāng)你和不同的病人做同樣的實(shí)驗(yàn)時(shí),大部分工作已經(jīng)為你做完了!您只需將新的示例導(dǎo)入模板工作區(qū)即可。良好的模板設(shè)計(jì)節(jié)省了大量的軟件分析時(shí)間和標(biāo)準(zhǔn)化報(bào)表。
1、將樣本加載到工作區(qū)中。
2、為相關(guān)的示例、門等創(chuàng)建組。
3、詳細(xì)分析單個(gè)示例,創(chuàng)建門戶、統(tǒng)計(jì)數(shù)據(jù)等。
4、對(duì)組中的所有樣本應(yīng)用適當(dāng)?shù)姆治觥?/p>
5、檢查組中樣品的澆口:易于修改樣品以適應(yīng)樣品變化。
6、生成一個(gè)圖形布局,您可以在其中顯示所有示例中的特定圖形。
7、生成一個(gè)表,您可以在其中創(chuàng)建所有樣本的特定統(tǒng)計(jì)信息。
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